定制型生物安全柜的控制系统用于监控生物安全柜的各项操作数值，及时发现任何故障和误操作，以声光警报通知用户采取措施，并自动采取相应的联锁安全措施。系统带有温度补偿功能的流速传感器，可以测定真实的气流流速，包括进气流、下沉气流和外排气流（B2）；LCD液晶显示屏实时显示气流流速/流量。对气流流速过低或不安全前窗高度，系统都会发出声光警报。
如何正确使用定制型生物安全柜？
（1）垂直可移动窗开启与关闭应轻便，在行程范围内的任何位置不产生卡死现象，不应有明显的左右或前后晃动现象，滑动应顺畅。开关、按键的操作应灵活可靠，零部件应紧固无松动，指示正确。
（2）工作前预先放好实验材料、不要放置过多器材。
（3）从清洁区到污染区平行摆放、标本放左试剂等放右。
（4）在开始工作前到完成工作后，应至少让安全柜工作4分钟来完成“净化”过程。
（5）在工作区域工作、生物安全柜处于正常工作状态时，不应有明显的机震声。
（6）不阻断前后空气格栅、减少干扰气流。
（7）及时清洁和消毒溢出。
（8）用一次性接种环、电加热器灭菌接种环。
（9）操作过程中废弃物放在生物安全柜内。
（10）不宜在生物安全柜内使用明火，明火易造成气流动荡，破坏高效过滤（HEPA）起源吹向台面的模式。
（11）按照使用说明书指导正确使用和维修。
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